Urząd objął 1 stycznia 2003, został ponownie wybrany w wyborach 29 października 2006 (uzyskał 60% poparcia) i pozostał prezydentem do 31 grudnia 2010.
Jako prezydent wprowadził szeroko zakrojony program reform prospołecznych, które przy zachowaniu kapitalistycznego ustroju gospodarczego służyły wyrównywaniu nierówności społecznych. Jego rządy przypadły na czas rozwoju gospodarczego i umożliwiły awans społeczny dużym grupom ludności. Lula opuszczał urząd prezydencki z poparciem społecznym na poziomie 80%. Jego następcą została Dilma Rousseff. Lula planował ubieganie się o urząd prezydencki w 2018 roku.
Oskarżenia o korupcję W 2014 r. wszczęto śledztwo w sprawie korupcji wśród najwyższych urzędników państwowych, polityków i przedstawicieli wielkiego biznesu. Dwa lata później Lula także stał się obiektem śledztwa, które już wcześniej doprowadziło do skazania ponad 80 osób. 12 lipca 2017 r. został nieprawomocnie skazany za korupcję (przyjęcie łapówek wartych 1,2 mln dol.) na 9,5 roku więzienia. W chwili skazania był liderem sondaży przed wyborami prezydenckimi zaplanowanymi na 2018 rok. 24 stycznia 2018 roku sąd drugiej instancji podtrzymał wyrok skazujący, zwiększając karę do 12 lat i 1 miesiąca pozbawienia wolności.