Bohaterowie ponownie się rozdzielają. Drake w końcu dociera do poniemieckiego, opuszczonego bunkra, gdzie od kilkudziesięciu lat cumuje łódź podwodna oraz po raz drugi spotyka dziwne stworzenia. Rozprawia się z nimi i dociera do pokoju kontrolnego bunkra, gdzie znajduje list z opisaną lokalizacją skarbu. Niestety Drake zostaje zauważony przez Romana. Ponadto okazuje się, że Elena została schwytana. Nate znowu zostaje zmuszony walczyć z piratami. Po walce kontaktuje się z Sullym. Razem docierają do miejsca położenia posągu El Dorado. Jednak okazuje się, że Gabriel Roman już tam jest. Namówiony przez Atoqa Navaro otwiera posąg i zostaje zmieniony w dziwną kreaturę. Po chwili Roman próbuje rzucić się na się na Navaro. Jednak ten zabija mutanta strzałem w głowę. Atoq, trzymając Elenę „na muszce”, ucieka helikopterem. W międzyczasie piraci ładują na statek pozostałe skarby. Helikopter Navaro ląduje na statku – dostaje się na niego także Drake. Nathan pozbywa się piratów stojących na drodze do lądowiska na statku. Gdy dociera do Navary, jest bez broni. Wytrąca karabin przeciwnikowi, a w trakcie bójki noga Navaro zaplątuje się w linę. Nate popycha helikopter i Navaro wpada do oceanu wraz z maszyną. Uwolniona Elena i Drake dostają się na małą łódź, na której podpływa Sully. Okazuje się, że przyjaciel zdobył trochę skarbu.