Od roku 1939 narastał jednak konflikt między dwoma skrzydłami powstałymi w partii. Konserwatywne skrzydło pod przewodnictwem księdza Jozefa Tiso, prezydenta Słowacji i przewodniczącego partii, chciało stworzyć autorytarne i religijne państwo stanowe. Skrzydło to kontrolowało większość stanowisk w państwie, partii i duchowieństwie. Drugie skrzydło było inspirowane przez model niemiecki, silne antysemicki. Dążyło do usunięcia wszystkich Czechów i stworzenia całkowicie faszystowskiego kraju (Słowacki narodowy socjalizm). Główną organizacją tego skrzydła była Gwardia Hlinki (Hlinkova Garda). Jej głównymi przedstawicielami byli premier Vojtech Tuka i minister spraw wewnętrznych Alexander Mach.
Problemem skrzydła faszystowskiego była popularność, jaką społeczeństwo darzyło skrzydło Tisy. Brało się to z widocznej demagogii skrzydła faszystowskiego, a także z ideologią faszystowską, która była trudna do zaakceptowania dla katolickiego w większości narodu słowackiego. Dodatkowo w porównaniu z sąsiednimi krajami Słowacja wypadała korzystnie pod względem ekonomicznym. Sytuację gospodarczą na Słowacji po części stabilizował fakt, że Słowacja stała się bazą produkcyjną dla hitlerowskich Niemiec i ich sojuszników.