Nowy rząd nie przyniósł spokoju w kraju. Czerwoni Khmerzy schronili się w dżungli oraz w bazach przy granicy tajlandzkiej. W 1982 roku z inicjatywy Czerwonych Khmerów powstał Koalicyjny Rząd Demokratycznej Kampuczy na czele z Norodomem Sihanoukiem. Nasilała się wojna domowa, która trwała do końca lat osiemdziesiątych. W 1985 roku premierem został Hun Sen, który wyraził gotowość do rozmów z Sihanoukiem. Dwa lata później we Francji obaj się spotkali. W 1988 roku Zgromadzenie Ogólne ONZ wydało rezolucję, która przewidywała wycofanie wojsk wietnamskich z Kampuczy i rok później, w 1989 roku z Kambodży wycofała się armia wietnamska. U władzy pozostał rząd, którym kierował premier Hun Sen.
Okres przejściowy i Państwo Kambodża (1989–1993) W 1990 roku rząd Ludowej Kampuczy wraz z emigrantami z obozu Sihanouka postanowiły położyć kres wewnętrznym niepokojom. 23 października 1990 pod auspicjami ONZ, strony konfliktu przeprowadziły konferencję w Paryżu i podpisano porozumienie pokojowe które kończyło wojnę domową. Powołano Radę Narodową jako rząd tymczasowy. Na czele rządu stał Hun Sen, natomiast do kraju powrócił Sihanouk, który został głową państwa.