W tym samym czasie rozpoczął współpracę z Krzysztofem Komedą, z którym koncertował i dokonał wielu nagrań, m.in. utworów: Cages, Wicklar Basked, Laterna Magica, zamieszczonych na płytach Zofia Komeda Presents Krzysztof Komeda – Moja Ballada i The Complete Recordings of Krzysztof Komeda. Z Komedą wystąpił latem 1965 roku na festiwalu w Bledzie w Jugosławii. Niezależnie od współpracy z Trzaskowskim i Komedą, Muniak grał ze Stańką, którego zespół Jazz Darings – po dojściu Zbigniewa Seiferta w 1968 roku – zmienił nazwę na Tomasz Stańko Quintet. Z tym zespołem nagrał płyty w Polsce Music for K (1970) i Stańko (W Pałacu Prymasowskim) (1973) oraz w Niemczech Jazzmessage from Poland (1972) i Purple Sun (1973). W 1973 roku koncerty Muniaka z Kwintetem Stańki wywołały sensację na festiwalu w norweskim Pori i podczas trasy koncertowej w USA, m.in. w Nowym Jorku i na Newport Jazz Festival. W drugiej połowie lat 60., po przeprowadzeniu się z Krakowa do Warszawy, dostał etat w Orkiestrze Polskiego Radia pod dyrekcją Edwarda Czernego i Bogusława Klimczuka. Brał udział w niezliczonych sesjach radiowych, nagrywał m.in. muzykę Jerzego „Dudusia” Matuszkiewicza do słynnych seriali telewizyjnych.