(1997, z J. Kuroniem) Pół wieku pod włos, czyli Życie codzienne „Tygodnika Powszechnego” w czasach heroicznych (1999) Mroczne wnętrza: uwięziony Prymas prywatnie w oczach współwięźniów i swojej siostry (2000) Rewanż pamięci (2002) Trwoga i nadzieja. Rozmowy o przyszłości (2003) Anty-TINA. Rozmowy o lepszym świecie, myśleniu i życiu (2005) Koniec (2006) Nauczka (2007) Zawał. Zrozumieć kryzys (2009)
Odznaczenia Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (2014, za wybitne osiągnięcia w działalności na rzecz przemian demokratycznych i wolności słowa w Polsce, za zasługi dla rozwoju wolnych mediów i niezależnego dziennikarstwa).
Nagrody i wyróżnienia Nagroda Stowarzyszenia Dziennikarzy Polskich (podziemnego, 1987) Nagroda Adolfa Bocheńskiego (1986) Nagroda Polskiego PEN Clubu im. Ksawerego Pruszyńskiego (1988) Dziennikarz Roku (1997) dwa Wiktory (1997). Druga nagroda w europejskim konkursie dziennikarskim „For Diversity. Against Discrimination” („Za różnorodnością. Przeciw dyskryminacji”) za artykuł „Miłuj geja swego”, w którym J. Żakowski wspólnie z E. Bendykiem stawia tezę, że wzrost gospodarczy, modernizacja społeczeństwa jest skorelowana „z odsetkiem osób o orientacji jawnie homoseksualnej”.