Mulligan podpisał dwuletni kontrakt z Wellington Phoenix w lipcu 2008. Jednak nie potrafił się wyróżnić i rozegrał zaledwie trzy mecze w barwach klubu w ciągu dwóch sezonów, zanim jego kontrakt nie został przedłużony z końcem sezonu 2009/2010.
Mulligan wkrótce podpisał kontrakt z klubem Auckland City. Zadebiutował w meczu otwarcia przeciwko Waikato, w którym strzelił dwa gole w drugiej połowie, zapewniając „Navy Blues” zwycięstwo 3:2. Zagrał w obu meczach finału Ligi Mistrzów OFC w 2011 roku, w których Auckland pokonało Amicale (Vanuatu) w dwumeczu 6:1. W 2012 roku Auckland po raz drugi z rzędu wygrało Ligę Mistrzów, a tym razem Mulligan strzelił jednego z goli w dwumeczu, wygrywając 3:1 z AS Tefana (Polinezja Francuska).
W lipcu 2012 roku przeniósł się do Waitakere United. Zdobył z zespołem mistrzostwo Nowej Zelandii w 2013. W październiku 2013 przeniósł się do Hawke’s Bay United i pomógł klubowi zająć trzecie miejsce w sezonie 2013/14. W sezonie 2014/15 powrócił do Waitakere United, który zakończył sezon na czwartym miejscu.