Praca architektoniczna Jest twórcą piramidy schodkowej w Sakkarze w Egipcie datowanej na ok. 2630-2611 p.n.e. za panowania III dynastii. Zespół grobowy Dżesera zaprojektował wzorując się na wcześniejszych konstrukcjach, wprowadzając jednak także wiele innowacji. Przykrywając pierwotną mastabę czterostopniową piramidą, podwyższoną następnie do sześciu stopni, wzniósł budowlę o wysokości około 60 metrów. Typowe dla architektury ceglano-trzcinowej motywy odtworzył w nowatorski sposób m.in. zwieńczając kolumny imitacją kwiatów lotosu. Nowością, także zastosowaną po raz pierwszy przez Imhotepa, była integracja w jedną całość dotychczas rozdzielanego grobowca i okręgu kultu grobowego.

Ponadto przypisuje mu się inne budowle (m.in. nieukończoną piramidę schodkową Sechemcheta). Obok prekursorskich prac w architekturze, przeprowadził pierwszą reformę kalendarza.

Kult Imhotepa Dwa tysiące lat po śmierci urósł do rangi boga. Kanon Turyński nazwał Imhotepa Synem Ptaha i kobiety o imieniu Chroduanch (którą nazywano córką Ba-neb-dżedaG. Hart, Mity egipskie, s. 76.). Tradycja utrwalana przez wieki historii i niezwykły intelekt jaki mu przypisywano przyczyniły się do faktycznego ubóstwienia.