Kilka dni po dymisji Duana doszło do przewrotu generała Zhang Xuna, który ogłosił restaurację monarchii Qing. Duan powrócił do łask i z polecenia nowego prezydenta, Feng Guozhanga, stanął na czele Armii Ocalenia Republiki, 12 lipca pacyfikując bunt w Pekinie. W zamian za udaną kampanię ponownie otrzymał fotel premiera. Ostatecznie 14 sierpnia 1917 roku Duan bez zgody parlamentu wypowiedział wojnę Niemcom. Jednocześnie rozpoczął walkę z rządem Sun Jat-sena w Kantonie i był jednym z czołowych działaczy projapońskiej kliki Anfu, co rychło doprowadziło go do konfliktu z prezydentem Feng Guozhangiem. 22 listopada 1917 prezydent zdymisjonował Duana.
Wkrótce kraj ogarnął chaos walk między północą i południem, zaś Duan w tym czasie, przy poparciu Japończyków, zebrał swoich zwolenników i 23 marca 1918 roku powrócił do Pekinu, wymuszając na prezydencie ponowną nominację na premiera. Zawarł wówczas, w zamian za wysoką pożyczkę pieniężną i dostawy sprzętu wojskowego na potrzeby wojny z południem, traktaty o współpracy wojskowej z Japonią. W maju i czerwcu przeprowadzono sfałszowane wybory, podczas których na listy wyborców wpisywano osoby zmarłe i nieletnie za które głosowali podstawieni zwolennicy Duana. W ten sposób wyłoniony został nowy parlament, w którym zwolennicy Duana i kliki Anfu zdobyli 342 na 470 miejsc.