Odmiany SPM W zależności od: sposobu realizacji pomiaru, rodzaju mierzonej właściwości, środowiska pomiaru, wyróżnia się szereg odmian SPM (brakuje literatury polskiej stąd są częste problemy z terminologią): Skaningowy mikroskop tunelowy (, STM, historycznie pierwszy SPM) – pomiar przepływu prądu elektrycznego pomiędzy metalową sondą a przewodzącą próbką; zasadniczo pomiar odbywa się w próżni Mikroskop sił atomowych, skaningowy mikroskop atomowy (, AFM) – pomiar odchylenia miniaturowej „dźwigienki”-ramienia (ang. ) z umocowaną sondą (ang. , odbicie promienia lasera od końcówki sondy – wykrywany ruch góra-dół) w wyniku kontaktu z powierzchnią lub oddziaływania van der Waalsa itp.; wersja podstawowa nazywana jest TAFM (topograficzny AFM);