W okresie od 11 września 1917 do maja 1918 dowodził 2 Dywizją Strzelców Polskich w I Korpusie Polskim w Rosji.
8 grudnia 1918 przyjęty został do Wojska Polskiego i mianowany dowódcą Okręgu Wojskowego „Tarnów”. Jednocześnie w lipcu i sierpniu 1919 dowodził oddziałami asystencyjnymi w Małopolsce Środkowej przeznaczonymi do stłumienia rozruchów w powiatach rzeszowskim i tarnowskim. 17 lipca 1919 wyznaczony został na stanowisko dowódcy Obozu Warownego „Brześć Litewski”. 1 maja 1920 zatwierdzony został w stopniu generała podporucznika z dniem 1 kwietnia tego roku. W sierpniu 1920, w czasie bitwy warszawskiej dowodził załogą Twierdzy Modlin. Z dniem 1 kwietnia 1921 przeniesiony został w stan spoczynku, w stopniu generała podporucznika. 26 października 1923 Prezydent RP zatwierdził go w stopniu generała dywizji ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 w korpusie generałów.
Na emeryturze osiadł w Poznaniu. Współorganizował Targi Poznańskie. W 1939 wysiedlony przez Niemców, znalazł się w Warszawie. Zmarł w wyniku potrącenia przez samochód wojskowy. Pochowany na Cmentarzu Powązkowskim (kwatera 38-6-12).
Jego syn, mjr Jerzy Feliks Szamota, oficer 17 pułku ułanów, zginął 30 października 1933 podczas ratowania z pożaru trójki dzieci w miejscowości Zburaż, w pow.