6 kwietnia 2010 z powodu społecznego niezadowolenia polityką prezydenta doszło w Kirgistanie do antyrządowych zamieszek pod przewodnictwem opozycji. 7 kwietnia 2010 przeciwnicy prezydenta rozpoczęli szturm na jego siedzibę oraz zdobyli inne budynki administracji państwowej. Wojsko i służby bezpieczeństwa otworzyły ogień do protestujących, w wyniku czego zginęły co najmniej 84 osoby, a ponad 1,5 tys. zostało rannych. Bakijew zmuszony był uciekać na południe kraju, stanowiące bastion jego poparcia. Władzę w państwie przejęła opozycja, która powołała rząd tymczasowy na czele z Rozą Otunbajewą. Rząd ogłosił rozwiązanie parlamentu i przejęcie obowiązków prezydenta. Bakijew odmówił jednak rezygnacji z urzędu, oskarżając odpowiedzialnością za przemoc i śmierć obywateli opozycję. W kolejnych dniach próbował mobilizować swoich zwolenników z południa kraju, jednak pod wpływem nacisków ze strony OBWE, USA i Rosji oraz zapowiedzi rządu tymczasowego o rozpoczęciu akcji policyjnej skierowanej przeciw niemu, 15 kwietnia 2010 odleciał do sąsiedniego Kazachstanu.