Po opuszczeniu Plutona sonda została skierowana do jednego z obiektów Pasa Kuipera (486958) Arrokoth, do którego dotarła 1 stycznia 2019 roku.
Sonda została wyniesiona rakietą nośną Atlas V 551 z przylądka Canaveral na Florydzie 19 stycznia 2006 roku. Po starcie została wprowadzona na trajektorię transferową do Plutona, będącą jednocześnie trajektorią ucieczkową z Układu Słonecznego. Sonda opuściła Ziemię z prędkością wynoszącą 16,26 km/s (58 539 km/h). Opuszczenie układu Ziemia – Księżyc zajęło 9 godzin. Dla porównania loty załogowe na Księżyc w ramach programu Apollo zajmowały około 3 dób.
Misja New Horizons realizowana jest w ramach programu New Frontiers. Jest ona piątą sondą w historii eksploracji przestrzeni kosmicznej, która znalazła się na trajektorii ucieczkowej z Układu Słonecznego. Cztery poprzednie sondy, które opuściły już Układ Słoneczny to Pioneer 10, Pioneer 11, Voyager 1 i Voyager 2.
Całkowity koszt misji wynosi około 720 milionów USD. W sumie tej zawarty jest koszt budowy sondy, jej instrumentów naukowych, rakiety nośnej, analizy zebranych danych oraz koszty operacyjne misji w latach 2001–2017.