Propozycja nazwy New Horizons była jedną z pięciu, które zostały oficjalnie przekazane NASA. Została później wybrana jako jedna z dwóch finałowych propozycji, które zostały poddane trzymiesięcznemu studium koncepcyjnemu w czerwcu 2001 r. Druga z finałowych propozycji - POSSE (Pluto and Outer Solar System Explorer) - była odrębną, ale podobną koncepcją misji na Plutona opracowaną przez Uniwersytet Kolorado w Boulder, kierowaną przez głównego badacza Larry'ego W. Esposito i wspieraną przez JPL, Lockheed Martin i Uniwersytet Kalifornijski.
Jednak APL, oprócz tego, że był wspierany przez programistów z Pluto Kuiper Express w Centrum Lotów Kosmicznych Goddarda i Uniwersytetu Stanforda, miał przewagę; mieli w swoim dorobku opracowaną sondę NEAR Shoemaker, skonstruowaną dla NASA, która na początku 2001 roku pomyślnie weszła na orbitę wokół planetoidy (433) Eros, a później wylądowała na jej powierzchni, ku radości naukowców i inżynierów.