Do kolejnego zniszczenia kościoła doszło w 1945. Było ono wynikiem podpalenia opactwa przez Armię Czerwoną. Gruntowną odbudowę kościoła rozpoczęto w 1947, a prace renowacyjne prowadzono etapami aż do roku 2000. Na początku przeprowadzono prace rekonstrukcyjne, w ramach których usunięto tynki, odsłaniając w całym wnętrzu oryginalny ceglany wątek wendyjski, odbudowano sklepienia, zrekonstruowano powiększone w okresie baroku arkady międzynawowe oraz okna. W 1950 roku odprawiono w kościele, w kaplicy Matki Boskiej, pierwszą po wojnie mszę świętą. W 1959 roku firma Biernacki wybudowała w kościele 36-głosowe organy wykorzystujące trakturę elektropneumatyczną.
W latach 1989–1992 przeprowadzono renowację zabytkowej kaplicy Matki Boskiej Pokornej, a w latach 1994–1996 generalną renowację elewacji wieży i ścian kościoła. W 1998 rozpoczął się nowy rozdział historii kościoła związany z przekazaniem opactwa rudzkiego diecezji gliwickiej. Od tego czasu zarówno kościół, jak i opactwo zaczęły odzyskiwać dawny blask. Dekretem z 28 maja 1995 biskup gliwicki Jan Wieczorek ustanowił kościół diecezjalnym Sanktuarium Matki Boskiej Rudzkiej. 4 czerwca 2000 obraz został uroczyście ukoronowany przez arcybiskupa Józefa Kowalczyka, wówczas nuncjusza apostolskiego w Polsce, koronami papieskimi poświęconymi 17 czerwca 1999 w Gliwicach przez Jana Pawła II.