Inna, mniej popularna teoria wyprowadza pochodzenie od węgierskiego słowa szekér „wóz, powóz”, nawiązując w ten sposób do tradycji plemion koczowniczych (również węgierskich).
Pochodzenie i kultura Seklerzy są węgierskojęzyczni, obecnie mają węgierską świadomość narodową, a wielu badaczy uważa ich również za odłam Węgrów, jednak ich pochodzenie nie jest jeszcze całkowicie zbadane. Niewielkie grupy uczonych reprezentują pogląd, iż są oni pochodzenia huńskiego, awarskiego, gepidzkiego, kabarskiego lub wołoskiego. Większa grupa badaczy uważa, że ich korzenie są tureckie. Istnieje też teza identyfikująca ich ze wzmiankowanymi na początku XI wieku „Czarnymi Węgrami” oraz z potomkami zmadziaryzowanych w XII wieku Pieczyngów lub Połowców. Jako dowód innego niż madziarskie pochodzenia Seklerów przytacza się charakterystyczne dla nich nagrobki słupowe () i bramy seklerskie. Przytaczana w tym miejscu bywa również występująca początkowo dwujęzyczność ugrofińsko-turecka, choć w roku 950 cesarz bizantyński Konstantyn VII nazywa samych Węgrów mylnie Turkami. Węgierski jako język wiodący ugruntował się wśród Seklerów ostatecznie w średniowieczu (ok. X wieku).