Po zakończeniu wojny został aresztowany i osadzony w obozie dla kolaborantów Alsgade Skole w Kopenhadze. Został oskarżony przez władze duńskie o członkostwo w SS i szpiegostwo. Przez całe śledztwo próbował zainteresować swoimi badaniami hormonalnymi zarówno Duńczyków, jak też Brytyjczyków. Prawdopodobnie nawiązał też kontakty z amerykańskimi firmami farmaceutycznymi i chemicznymi Parker, Davis & Comp. Ltd. i Du Pont. W listopadzie 1945 r. trafił do szpitala z powodu ciężkiej choroby serca, w związku z czym został zwolniony z obozu. Natomiast zarzuty przeciwko niemu zostały utrzymane. W lutym 1946 r. zwolniono go ze szpitala, po czym przyjechał na farmę swojego brata na rekonwalescencję. Istnieją podejrzenia, że wypuszczono go ze względu na naciski przyszłych zagranicznych partnerów businessowych.
Wkrótce wyjechał do Szwecji, gdzie krótko przebywał pod fałszywym nazwiskiem, a następnie zamieszkał w Buenos Aires. Tymczasem władze duńskie otrzymały od Brytyjczyków dokumenty potwierdzające, że C. Vaernet prowadził nieludzkie eksperymenty medyczne w KZ Buchenwald. Wystąpiły do Argentyny o ekstradycję, ale została ona odrzucona.