Zachodnia część kraju położona jest nad jeziorem Tanganika (środkiem jeziora przechodzi zachodnia granica kraju).
Gleby Gleby w Burundi są bardzo zróżnicowane. Na skałach wulkanicznych występują żyzne gleby – kambisole. Strome zbocza gór pokryte są ubogimi litosolami. Tereny należące do dna Rowu Środkowoafrykańskiego zawierają gleby wertisole, które podobnie jak kambisole posiadają wysoki poziom żyżności.
Flora Szata roślinna, a w szczególności jej zagęszczenie jest wysokie. Jest to spowodowane dużymi opadami, jak i urodzajnością gleb. Północno-zachodnią część kraju porastają górskie lasy tropikalne. Obecnie są one zachowane we fragmentarycznym stanie z powodu działalności człowieka. Wschód kraju pokrywają sawanny lesiste, które w północno-wschodniej części kraju przechodzą w bardziej suche sawanny drzewiaste. Duże opady w Burundi sprawiają, że roślinność jest bujna. Południe kraju jest zdominowane przez widne lasy tropikalne o odmianie zambezyjskiej.