W 2001 roku Henderson odszedł z Kansas City do Miami Fusion. Tam grał przez rok i wywalczył kolejne trofeum w karierze - MLS Supporters' Shield. W 2002 roku odszedł z klubu i ponownie został wybrany w drafcie przez zespół Colorado Rapids, w którym grał do 2005 roku. Łącznie w barwach tego klubu rozegrał 178 meczów, zaliczył 53 asysty i zdobył 120 punktów.
W maju 2005 roku Henderson trafił do Columbus Crew, w którym grał do końca roku. W 2006 roku ponownie zmienił klub i został piłkarzem Red Bull New York. W sezonie 2006 grał w każdym meczu Red Bulla, a pod koniec roku zakończył karierę piłkarską.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1994/95 FSV Frankfurt
2. Fußball-Bundesliga 24 8 1995 Stabæk Fotball
Tippeligaen ? ? 1996 Colorado Rapids
Major League Soccer 29 3 1997 Colorado Rapids
Major League Soccer 30 7 1998 Colorado Rapids
Major League Soccer 28 2 1999 Kansas City Wizards
Major League Soccer 30 3 2000 Kansas City Wizards
Major League Soccer 31 9 2001 Miami Fusion
Major League Soccer 25 3 2002 Colorado Rapids
Major League Soccer 28 11 2003 Colorado Rapids
Major League Soccer 26 4 2004 Colorado Rapids
Major League Soccer 29 3 2005 Colorado Rapids
Major League Soccer 8 1 2005 Columbus Crew
Major League Soccer 21 2 2006 Red Bull