W 1950 KS Prądnicki został wchłonięty przez Prądniczankę (klub z sąsiedniego Prądnika Czerwonego), a w 1955 pod patronatem zakładów produkcji opakowań Artigraph reaktywowano Prądnicki Klub Sportowy, który rok później przeprowadził się na boisko przy ulicy Prądnickiej, a w 1957 awansował do ówczesnej klasy A (czwarty poziom ligowy). W 1963 rozpoczęto budowę istniejącego do 2019 pawilonu klubowego obok boiska przy ulicy Prądnickiej, a w 1965 Prądnicki Zakładowy Klub Sportowy ponownie awansował do piłkarskiej klasy A. Tuż przed fuzją z KS Krowodrza klub z Prądnika prowadził sekcje piłki nożnej, piłki ręcznej kobiet, siatkówki kobiet i gimnastyki.
Wychowankiem Prądnickiego KS był Lucjan Franczak, późniejszy wieloletni trener krakowskich klubów piłkarskich, m.in. Wisły (z którą zdobył wicemistrzostwo Polski w sezonie 1980/1981), Cracovii i Garbarni.