W 1806 r. powrócił do służby u boku Dąbrowskiego, organizował departamenty bydgoski i kwidzyński. Uczestniczył w wyzwalaniu Torunia, a później dowodził przednią strażą legii Dąbrowskiego w marszu na Pomorze. W 1807 r. na czele pierwszych sformowanych oddziałów wojska polskiego walczył z Prusakami, uczestniczył w ofensywie na Gdańsk i zdobyciu Tczewa. Zastąpił rannego Dąbrowskiego i poprowadził jego dywizje na Gdańsk, brał także udział w oblężeniu miasta. Jeszcze w tym samym roku został odznaczony za kampanię Krzyżem Kawalerskim Orderu Virtuti Militari. W 1808 pominięty przez księcia Józefa Poniatowskiego w awansach złożył dymisję. Rada Stanu Księstwa Warszawskiego powierzyła mu funkcję komisarza w ustalaniu granicy z Prusami. Podczas kampanii w 1809 r. zajmował stanowisko gubernatora Warszawy, następnie dowódcy oddziałów polskich, z którymi brał udział w bitwach pod Szczekocinami i Żarnowcem. Raz jeszcze zażądał dymisji, kiedy powtórnie został pominięty przy awansach. W tym czasie otrzymał w długoletnią dzierżawę dobra starołęckie koło Poznania. Od 1811 r. był generałem dywizji. W 1812 roku przystąpił do Konfederacji Generalnej Królestwa PolskiegoDziennik Konfederacyi Jeneralnej Królestwa Polskiego. 1812, nr 5, s. 39..