thumb|left|Dom Bramny, zwany też Domem Zarazy W 1807 Oliwę zajęły wojska napoleońskie, które w klasztorze urządziły lazaret. Oliwa znajdowała się w obrębie Wolnego Miasta Gdańska – w praktyce do 1813, kiedy do Oliwy wkroczyły wojska rosyjskie. W trakcie oblężenia Gdańska w 1813 przez Rosjan, w Oliwie został założony rosyjski lazaret.
thumb|Diabelski Kamień w Lasach Oliwskich W 1815 Oliwa, wraz z Gdańskiem, została ponownie przyłączona do Królestwa Prus. Nastąpił okres względnego spokoju i duży napływ ludności: okolicznych Kaszubów i gdańszczanGdańska Oliwa..
W 1822 została zbudowana bita droga, łącząca Gdańsk z Oliwą. W pierwszej połowie XIX wieku przy tej drodze powstały osiedla robotnicze o wiejskim charakterze. Podobna zabudowa zaczęła powstawać wzdłuż ul. Polanki i ul. Rybińskiego.
W 1831 zostało ostatecznie zlikwidowane opactwo cysterskie. Kościół klasztorny stał się katolickim kościołem parafialnym, a dotychczasowy kościół parafialny (pod wezwaniem św. Jakuba) został oddany na użytek gminy ewangelickiej. Parafia oliwska obejmowała wówczas swym zasięgiem obszar kilkunastu miejscowości m.in.: Sopot, Wrzeszcz, Zaspa, Nowy Port, Wysoka i Rynarzewo.
W 1832 został zamknięty (nieistniejący obecnie) cmentarz przy kościele św. Jakuba.