Odrębne od koalicyjnego okazało się także stanowisko części posłów UW w przypadku ustawy antyaborcyjnej. M.in. Jacek Kuroń i Władysław Frasyniuk opowiedzieli się przeciwko przyjęciu przez Sejm orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego z maja 1997, uznającego uprzednią liberalizację ustawy za sprzeczną z konstytucją. Osobny spór powstał również przy okazji reformy administracyjnej, gdy koalicjanci spierali się o liczbę województw. Sukcesem AWS-UW okazało się jednak przeprowadzenie przez Sejm ustawy o Instytucie Pamięci Narodowej, gdy zyskując poparcie PSL odrzucono kolejne weto prezydenckie. Sukcesem rządu koalicyjnego okazało się również doprowadzenie do włączenia Polski w struktury NATO oraz rozpoczęcie negocjacji związanych z przystąpieniem do Unii Europejskiej.
1 stycznia 1999 weszły w życie trzy spośród czterech reform systemowych przeprowadzonych przez rząd AWS-UW. Oprócz podziału administracyjnego zreorganizowano także system ubezpieczeń społecznych oraz służbę zdrowia. We wrześniu tego samego roku rozpoczęła się realizacja reformy systemu oświaty. Początkowe trudności z wprowadzeniem zmian oraz jednoczesna radykalizacja nastrojów na wsi przyczyniły się do spadku popularności rządzących. Dochodziło też do publicznej wzajemnej krytyki ze strony koalicjantów.