Ponadto już w okresie reformacji i przede wszystkim w pierwszej połowie XIX wieku kiedy miała miejsce masowa sekularyzacja klasztorów na terenie północnej Rzeszy, co za tym w okolicach miasta pochodzące stamtąd ocalone zbiory składano jako darowizny biskupom Hildesheimu.

Inicjatorem i założycielem obecnej kolekcji dzieł sztuki sakralnej był biskup Eduard Jakob Wedekin (1796–1870). Podczas ostatniej wojny kolekcję ewakuowano. Ponowne otwarcie Muzeum miało miejsce w roku 1960 za pontyfikatu biskupa Heinricha Marię Janssena. Muzeum zostało dwukrotnie przekształcone i powiększone w latach 1977 i 1978.

Zbiory Kolekcję tworzy dawny skarbiec katedralny oraz dzieła ofiarowane diecezji Hildesheimu. Najstarszym dziełem jest pochodzący z IX wieku srebrny relikwiarz Marii, przekształcany i wtórnie pozłacany. Sztukę ottońską tworzy bogate dziedzictwo po biskupie Bernwardzie, zleceniodawcy m.in. drzwi Bernwarda i kolumny Chrystusa dla kościoła św. Michała (ob. w katedrze). Dla świątyni biskupiej i skarbca katedralnego ofiarował zlecone przez niego dzieła wykonane przede wszystkim u miejscowych artystów. Są to tzw. Złota Madonna – drewniana figura Marii z Dzieciątkiem o przeznaczeniu kultowym, w całości pokrytą lanym złotem; para srebrnych świeczników;