Faszoda miała także swoje znaczenie dla sporu pomiędzy Wielką Brytanią a Francją o legalność brytyjskiej okupacji Egiptu. Wielu francuskich polityków żałowało decyzji o nieprzyłączeniu się do okupacji. Planowali zmusić Brytyjczyków do wycofania się z Egiptu, a placówka nad Nilem mogła stanowić bazę dla francuskich kanonierek. Istniały także plany przegrodzenia Nilu tamą, co odcięłoby Brytyjczyków od zasobów wodnych. Te plany były bardzo trudne w realizacji, jednak wywołały obawy wśród Brytyjczyków, którzy – dla zapewnienia Egiptowi bezpieczeństwa – postanowili przejąć kontrolę nad Nilem.
Przebieg Latem 1896 Francuzi wysłali z Libreville nad Zatoką Gwinejską oddział 11 oficerów marynarki i 150 afrykańskich żołnierzy pod dowództwem kapitana Jean-Baptiste’a Marchanda, by objąć protektorat nad okolicami Faszody, w której znajdowała się niewielka twierdza. Mieli połączyć się z dwiema innymi ekspedycjami idącymi przez Abisynię, z których jedna, wychodząca z Dżibuti, dowodzona była przez Christiana de Bonchamps, weterana ekspedycji kapitana Williama Stairsa do Katangi.