Zimą 1939/40 w czasie okupacji sowieckiej przechodząc po zamarzniętym Sanie, przez zieloną granicę niemiecko-sowieckiej linii demarkacyjnej przedostał się do Przemyśla. Później przebywał w Limanowej w dobrach wuja swojej żony Zygmunta Marsa. Zatrudniony w majątku Stara Wieś, za namową rodziny Marsów, zgodził się przyjąć niebezpieczną (w okupacyjnych warunkach) funkcję burmistrza Limanowej, urząd swój sprawował do lipca 1944 r. W 1942 r. wraz z Grzegorzem Marsem i rządcą majątku p. Śliwą zostali aresztowani przez nowosądeckie Gestapo. Powodem aresztowania było podejrzenie, że w folwarku Marsów ukrywali się polscy oficerowie, których Niemcy aresztowali przy próbie przedostania się na Węgry. Po kilku miesiącach wszyscy zostali zwolnieni. Na początku okupacji Niemcy wzięli Paygerta jako zakładnika, cudem się uratował. W obawie przed powtórzeniem się tej sytuacji, w 1944 r., gdy urząd miasta był już nieczynny, a Niemcy z Limanowej powoli się wycofywali, zabrał on część dobytku rodzinnego i udał się do Krakowa, znajdując schronienie w mieszkaniu krewnej. Po zakończeniu okupacji Paygert pracował w księgowości zakładów odzieżowych w Krakowie, gdzie dosięgła go ręka NKWD. Aresztowany zimą 1945 r., 10 kwietnia 1945 r. zmarł w więzieniu UB w Krakowie. Pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera XVIII-12-33).