Obszary wyżynne, tworzące w większości płaskowyż (średnia wysokość 500 m n.p.m. ), zwieńczone są na wschodzie Górami Krystalicznymi. Najwyższy szczyt płaskowyżu na terenie Gwinei Równikowej to Mount Fijelvingue (1500 m n.p.m.). Same tereny wyżynne mają średnio do 400 do 600 m n.p.m., tereny gór zaś od 500 do 800 m n.p.m. Góry zbudowane są granitów i gnejsów. Cały obszar państwa spoczywa na tarczy krystalicznej, a skały pochodzą z ery prekambryjskiej.
Wyspa Bioko, leżąca ok. 160 km na północny zachód od kontynentalnej Gwinei Równikowej, spoczywa na szelfie kontynentalnym. Tworzą ją trzy połączone wulkany tarczowe. W części północnej wznosi się wierzchołek aktywnego, podmorskiego wulkanu – Santa Isabel o wysokości 3008 m n.p.m., który jest najwyższym szczytem kraju. Wulkan ten po raz ostatni wybuchł w 1923 roku. Południową część wyspy tworzą wulkany San Joaquin (2009 m n.p.m.) i San Carlos (2260 m n.p.m.). Wyspa cechuje się surowymi i nieprzystępnymi wybrzeżami o licznych klifach, mających po kilkadziesiąt metrów wysokości. Na nielicznych odcinkach płaskiego wybrzeża rosną lasy mangrowe. Cała wyspa leży na tektonicznym pęknięciu. Na wyspie leży Malabo, do 2026 roku stolica kraju.