Wyspy różnią się ukształtowaniem terenu. Wielki Komor jest najbardziej wysunięty na zachód. Z lotu ptaka przypomina odcisk ludzkiej stopy, skierowanej w ku południowi. Najwyższe wzniesienie, czyli wulkan Kartala, znajduje się u nasady środkowego palca.
Pozostałe wyspy, również cechują się wyrazistą rzeźbą terenu oraz dobrze rozwiniętą linią brzegową. Anjouan, zwany też Ndzuwani, o powierzchni 424 km² także jest górzysty, zwieńczony wygasłym wulkanem N’tingui o wysokości 1595 m n.p.m. Wyspa ta ma najbardziej urozmaiconą linię brzegową. Składa się z trzech półwyspów, które są zwieńczone leżącym w centrum wyspy wulkanem. Rzeźba jest bardzo wyrazista, składająca z licznych wzniesień, wzgórz i stromych zboczy. Obszary górskie zajmują połowę obszaru wyspy. Grzbiety i doliny są wąskie, na całej wyspie rozsiane są stożki i kratery. Brak terenów równinnych.
Mohéli, zwana też Mwali, jest , leżącą mniej więcej pomiędzy dwoma pozostałymi. Jest znacznie niższa niż Wielki Komor czy Anjouan. Najwyższy szczyt, liczący 790 m n.p.m., znajduje się w północno-zachodniej części wyspy.