Części oskarżonych przedstawiono zarzut działalności kontrrewolucyjnej, przypisywano im również współpracę z jednoznacznie monarchistycznym Rosyjskim Kościołem Prawosławnym poza granicami Rosji. Na śmierć skazano trzech organizatorów oporu w Szui oraz 11 uczestników zajść w Moskwie, przy czym sześciu z nich – podobno na życzenie Trockiego – ułaskawionoR. Pipes, Rosja bolszewików, s. 378–379.. W kwietniu Lenin opowiedział się jeszcze wyraźnie za kontynuowaniem podobnej polityki, stwierdzając jednoznacznie, iż należy rozstrzeliwać jak największą liczbę duchownych. Równolegle prowadzona była propagandowa akcja antyreligijna kierowana przez Związek Wojujących Bezbożników i jego przewodniczącego Jemieljana JarosławskiegoA. Nowak, Polacy, Rosjanie i biesy, Arcana, Kraków 1998, , s. 212..
Z akcją konfiskaty związany był również pokazowy proces metropolity piotrogrodzkiego Beniamina, przeprowadzony w czerwcu i lipcu 1922 w Piotrogrodzie. Beniamin, który zaostrzył swoje stanowisko po początkowej akceptacji akcji konfiskaty, został oskarżony o podburzanie ludności do działań antyrządowych, skazany na śmierć i rozstrzelany, nie bez inspiracji ruchu Żywej CerkwiD. Pospelovsky, The Russian Church..., s. 97–99..
Bilans konfiskaty