W 1903 roku, w chwili ukończenia budowy zasadniczego trzonu kompleksu obronnego, utworzono odrębną Fortyfikację Malbork.
Główną część pierścienia umocnień tworzyło dziesięć niewielkich fortów; każdy z nich składał się z betonowego schronu dla 80–160 żołnierzy (1–2 plutonów piechoty), otoczonego niskim wałem i fosą z zasiekami z drutu kolczastego (w ówczesnej niemieckiej terminologii wojskowej były to tzw. punkty oporu piechoty, Infanterie-Stützpunkte). Oprócz fortów w skład twierdzy wchodziły baterie artyleryjskie złożone z betonowych schronów i ziemnych stanowisk dla armat kalibru 12 i 15 centymetrów; istniało ponadto sześć przewoźnych wieżyczek dla armat kalibru 5 centymetrów rozmieszczonych parami w kilku miejscach (Fort 4a, Fort 6 oraz punkt oporu „Piaski” przy drodze do Elbląga). Od strony wschodniej stanowiska artyleryjskie były osłaniane przez trzy dzieła piechoty. W trakcie budowy fortyfikacji wykorzystano w celach obronnych naturalne warunki terenowe;