Polonii Bytom w sezonie 2008/2009 rozegrała swój trzydziesty trzeci sezon w Ekstraklasie. Był to również jej drugi sezon z rzędu w najwyższej klasie. Piłkarze na boisku wywalczyli ósme miejsce, jednak po przeniesieniu ŁKS na ostatnie miejsce w tabeli z powodu nieprzyznania licencji temu klubowi na grę w kolejnym sezonie Ekstraklasy, Polonia awansowała o miejsce wyżej. Drużyna uczestniczyła również w rozgrywkach Pucharu Polski i Pucharu Ekstraklasy, ale bez sukcesów.
Trenerem pierwszego zespołu był Marek Motyka od początku sezonu do połowy marca. Wtedy na jego stanowisku znalazł się Jurij Szatałow
Kadra Nr Imię i nazwisko Urodzony N G B Bramkarze 12 Rafał Jarzombek 01.03.89 0 0 13 Seweryn Kiełpin 18.12.87 2 0 33 Michal Peškovič 08.02.82 11 0 Obrońcy 17 Adrian Basta 01.12.88 0 0 18 Jacek Broniewicz 18.09.81 52 1 22 Jakub Dziółka 21.11.80 46 1 8 Peter Hricko 25.07.81 0 0 Mateusz Kamiński 27.04.88 2 0 14 Adrian Klepczyński 01.04.81 21 1 16 Marcin Komorowski 17.04.84 0 0 81 Radoslav Kráľ 20.02.74 18 0 4 Wałerij Sokołenko 21.06.82 13 0 Pomocnicy 19 Marek Bažík 09.02.76 10 1 24 Rafał Grzyb 16.01.83 46 1 9 Hubert Jaromin 04.03.79 0 0 Wojciech Mróz 06.08.87 35 0 5 Tomasz Owczarek 07.06.80 27 0 20 Mariusz Przybylski 19.01.82 12 0 21 Hubert Robaszek 25.04.81 18 1 17 Piotr Tomasik 31.10.87 15 0 6 Jacek Trzeciak 26.12.71 92 9 7 Janusz