Wschód jest płaski z wyjątkiem Falaise de Bandiagara i ciągnącego się przez 240 km pasa klifów dochodzących do 356 m n.p.m. Na północnym wschodzie leży krystaliczny masyw Adrar des Iforas dochodzący do 890 m n.p.m., który jest częścią Ahaggaru. Najwyższy szczyt kraju Hombori Tondo wznosi się na wysokość 1155 m n.p.m. i leży w niewielkim masywie Hombori na wschód od wewnętrznej delty Nigru. Charakterystyczną formą dla Hombori są stoliwa wznoszące się na wysokość ponad 900 m n.p.m.
Środkową część kraju tworzy Kotlina Środkowego Nigru, będąca zarazem aluwialną doliną rzeki Niger.
Południe kraju jest pagórkowate z wzniesieniami ciągnącymi się od Futa Dżalon w Gwinei. Na południowym zachodzie leży wyżyna Manding z wzniesieniami dochodzącymi do 600 m n.p.m. Zbudowana z piaskowców uległa erozji. Na północnym zachodzie rozciąga się rozległa niecka Al-Dżauf.
Klimat Mali posiada wyraźny, strefowy układ zmieniających się z południa na północ warunków klimatycznych. W kraju występują dwie strefy klimatyczne: klimat zwrotnikowy na północy, wybitnie suchy i podrównikowy na południu, suchy a na samym południu wilgotny. W okresie od lutego do listopada wieje od Sahary silny wiatr – harmattan.