Niger przepływa przez Mali w kierunku północno-wschodnim na długości ponad 1600 km. Na rzece znajduje się wiele progów i jedna zapora. Przy Koulikoro rzeka wypełnia szeroką dolinę, a po dopływie Bani, tworzy deltę wewnętrzną, dzieląc się na labirynt większych i mniejszych rzek. Delta stanowi obszar bagien i sezonowych rozlewisk, tworzących w okresie wezbrań – liczne jeziora o łącznej powierzchni około 40 tysięcy km². Największe odnogi Nigru – Bara Issa i Issa Ber – łączą się ponownie w jeden ciek, który gwałtownie skręca przy Bourem na południowy wschód i płynie przez Gao i Ansongo do granicy z Nigerią.

Senegal formuje się na terytorium Mali z wód Bakoye i Bafing i płynie w kierunku północno-zachodnim na długości około 670 km. Rzeka tworzy dwa wodospady – Gouina, nazywany „Niagarą Mali” i Félou.

Zarówno Niger, jak i Senegal charakteryzują się dużymi wahaniami wodostanów, na które mają wpływ wahania opadów deszczu.

Gleby Pokrywa glebowa układa się w taki sam sposób, co strefy klimatyczne. Gleby poza doliną Nigru w Mali są ubogie. Południe kraju jest zdominowane przez żelaziste luwisole z ukazującymi się nierzadko pancerzami laterytowymi. Północna część (saharyjska) jest pokryta ermosolami – szkieletowymi glebami pustynnymi.