Zalecenia kliniczne Zalecenia kliniczne dotyczące siarczanu chondroityny są rozbieżne. Wytyczne American College of Rheumatology i z 2019 roku silnie odradzają stosowanie siarczanu chondroityny w chorobie zwyrodnieniowej stawu kolanowego i biodrowego, natomiast warunkowo dopuszczają jego stosowanie w chorobie zwyrodnieniowej stawów rąk. W porównaniu wytycznych i z 2019 roku wskazano, że ESCEO zaleca farmaceutycznej jakości siarczan chondroityny jako leczenie podstawowe u części chorych z chorobą zwyrodnieniową stawu kolanowego, podczas gdy OARSI odradza stosowanie preparatów z glukozaminą i chondroityną.
Podsumowanie NCCIH wskazuje także na odmienną ocenę w wytycznych AAOS z 2021 roku, które umieszczają chondroitynę wśród suplementów mogących pomagać w zmniejszaniu bólu i poprawie funkcji u pacjentów z łagodną do umiarkowanej chorobą zwyrodnieniową stawu kolanowego, z zastrzeżeniem niespójności dowodów. Rozbieżności między zaleceniami wynikają między innymi z różnej oceny jakości badań, różnic między preparatami oraz odmiennego ważenia potencjalnych korzyści i niepewności dowodów.