mały|Przykładowa cząsteczka chemiczna – woda. Wzór strukturalny z uwidocznieniem wolnych par elektronowych mały|Przykładowa cząsteczka chemiczna – woda. Model kulowo-prętowy mały|Przykładowa cząsteczka chemiczna – woda. Model wypełnienia przestrzeni mały|Przykładowa cząsteczka chemiczna – woda. Model kulowo-prętowy z uwidocznieniem powierzchni potencjału elektrycznego Cząsteczka, molekuła – neutralna elektrycznie grupa dwóch lub więcej atomów utrzymywanych razem kowalencyjnym wiązaniem chemicznym.
Cząsteczki różnią się od innych indywiduów chemicznych (np. jonów) brakiem ładunku elektrycznego.
W teorii kinetycznej gazów pojęcie cząsteczka często jest używane do opisu gazowej cząstki bez względu na jej budowę. Według tej teorii gazy szlachetne składają się z cząsteczek, pomimo że składają się z pojedynczego, niezwiązanego wiązaniem chemicznym atomu.
Cząsteczka może się składać z atomów jednego pierwiastka, jak w przypadku tlenu (), lub różnych, czego przykładem jest woda (). Układy atomów powiązane oddziaływaniami słabszymi od wiązań kowalencyjnych np.: wodorowymi nie są uważane za cząsteczki chemiczne i są nazywane strukturami supramolekularnymiSupramolecular Chemistry, J.-M. Lehn, Wiley-VCH (1995) ..