Jednak podczas synodu kościelnego w Yorku w 1845 roku Schaff został jednomyślnie oczyszczony z tego zarzutu.
W 1870 roku Schaff objął katedrę encyklopedii teologicznej i symboliki chrześcijańskiej w Union Theological Seminary w Nowym Jorku, a od 1887 aż do swojej śmierci był profesorem katedry historii Kościoła. Schaff także przewodniczył komisji nadzorującej nowy przekład Biblii znany jako American Standard Version, jednak przekład ten ukazał się dopiero w 1901 roku, a więc 8 lat po śmierci Schaffa.
Ważniejsze dzieła Schaff, Philip. History of the Christian Church – w 8 tomach. Schaff, Philip. Creeds of Christendom, with a History and Critical notes, volume I, volume II and volume III Schaff, Philip. The Creeds of the Evangelical Protestant Churches The New Schaff-Herzog Encyclopedia of Religious Knowledge. Ante-Nicene Fathers oraz dwie serie Nicene and Post-Nicene Fathers, łącznie 38 tomów pod redakcją Schaffa i innych.