Po wymordowaniu więźniów obóz w Górce Klasztornej został zlikwidowany. Klasztor był jeszcze przez pewien czas miejscem zabaw pijackich Harry’ego Schulza. Później przekształcono go w obóz dla jeńców brytyjskich, filię Stalagu XXA w Toruniu. Od jesieni 1943 do końca wojny Górka Klasztorna pełniła z kolei funkcję obozu szkoleniowego dla nazistowskich hufców pracy.
Po wojnie thumb|160px|Pomnik w miejscu zbrodni Wkrótce po zakończeniu działań wojennych do klasztoru powrócili Misjonarze Świętej Rodziny. Dopiero 4 maja 1965, z inicjatywy Barbary Bojarskiej (pracownicy Instytutu Zachodniego w Poznaniu), dokonano jednak ekshumacji ofiar egzekucji przeprowadzonej przez Selbstschutz w Górce Klasztornej. Dzięki wskazówkom ocalałego Jana Topora odnaleziono w ogrodzie klasztornym szczątki 36 ciał, które 9 maja 1965 przewieziono samochodem straży pożarnej na cmentarz parafialny w Łobżenicy i tam pochowano. Na mogile postawiono pomnik z granitu, do którego przytwierdzono mosiężną tablicę z napisem: „Pamięci ofiar zbrodni hitlerowskiej dokonanej w r. 1939 w Górce Klasztornej”. W ogrodzie góreckim, w miejscu zbiorowej mogiły, wystawiono z kolei pomnik z krzyżem i marmurową tablicą z napisem: „Miejsce ofiar zbrodni hitlerowskiej dokonanej w dniu 22 – 23 XI.