W roku 1937 żołnierze skonfiskowali literaturę Świadków Jehowy, a trzy lata później skonfiskowano ją również w Biurze Oddziału, które zamknięto; wówczas rozpoczęto działalność w podziemiu. We wrześniu 1942 roku w Zurychu zorganizowano kongres pod hasłem „Nowy świat”, w którym uczestniczyło 2300 osób.
W 1944 Biuro Oddziału otwarto ponownie.
Powojenny rozwój działalności W 1945 w Bernie przemawiał Nathan H. Knorr. W okresie II wojny światowej liczba głosicieli wzrosła dwukrotnie. Po wojnie w działalności kaznodziejskiej uczestniczyło 1462 głosicieli. Rok później zorganizowano pomoc humanitarną dla współwyznawców z Niemiec.
W 1947 roku kraj ponownie odwiedził Nathan H. Knorr. W kongresie pod hasłem „Rozrost wszystkich narodów”, który się odbył w dniach od 23 do 26 maja 1947 roku w Zurychu, uczestniczył Nathan H. Knorr, F. Franz, H. Covington i M. Henschel. Liczba obecnych wyniosła 1540 osób. Przybyli delegaci z Anglii, Francji, Holandii, Luksemburga, Niemiec, Włoch i innych krajów. W tym samym roku do Szwajcarii przyjechali pierwsi misjonarze absolwenci Szkoły Gilead.
W 1950 roku liczba głosicieli przekroczyła 2000 osób. Rok później po raz kolejny Szwajcarię odwiedził N.H. Knorr.