Szczególnie zaangażowany w jego tworzenie był również metropolita moskiewski Filaret. Zgodnie z aktem założycielskim zakonnice miały prowadzić przy klasztorze przytułek dla sierot, który został otwarty 22 lipcaData według kalendarza gregoriańskiego – 4 sierpnia. roku następnego.
Zakonnice, które stworzyły monaster św. Marii Magdaleny, pochodziły z klasztoru św. Aleksego w Moskwie. Pierwszą przełożoną została mniszka Flawiana (Popowa). 22 października biskup brzeski Ignacy, zgodnie z uchwałą Świątobliwego Synodu, nadał jej godność ihumeni. Ihumenia Flawiana w ciągu kolejnych kilku lat przeprowadziła gruntowny remont obiektów należących dotąd do wizytek, połączony z przekształceniem klasztornego kościoła Serca Jezusowego w Wilnie w cerkiew pod wezwaniem św. Marii Magdaleny.
Oprócz przebudowy głównej świątyni w czasie prac urządzona została druga cerkiew pod wezwaniem Opieki Matki Bożej, zaś część budynków mieszkalnych zaadaptowana na pomieszczenia przytułku dla sierot. Ihumenia w pełni egzekwowała od sióstr (również przybyłych z Moskwy) postanowienia reguły klasztornej, sformowała z nich chór i sama zaangażowała się od 1868 (tj. od momentu przyjęcia pierwszych podopiecznych) w pracę w przytułku, którego była kierowniczką. Stała na czele powstałej przy klasztorze szkoły malarskiej.