W 1990 roku po zakończeniu ery komunizmu w Rumunii zmieniono nazwę klubu na FC Bacău. W 1991 roku FC Bacău dotarł do finału Pucharu Rumunii, w którym przegrał 1:2 z Universitateą Craiova. Universitatea została także mistrzem kraju, dzięki czemu Bacău wystąpił w rozgrywkach Pucharu Zdobywców Pucharów, jednak w 1. rundzie uległ Werderowi Brema.
W 1992 roku ponownie przemianowano klub, tym razem na FC Selena Bacău. W 1993 roku Selena spadła do drugiej ligi, a w 1995 roku jej nazwę zmieniono na AS Bacău. W 1997 roku miała miejsce kolejna zmiana nazwy – na obecną FCM Bacău. W 2001 roku Bacău spadł z pierwszej ligi, jednak ostatecznie wystąpił w niej w kolejnym sezonie na skutek wycofania się FC Baia Mare. Od 2006 roku FCM Bacău grał w drugiej lidze Rumunii. Spadł z niej w sezonie 2009/2010. W sezonie 2010/2011 wrócił do drugiej ligi, ale w sezonie 2012/2013 wycofał się z rozgrywek. Z kolei przed sezonem 2013/2014 klub wycofał się z rozgrywek trzeciej ligi i został rozwiązany.
Sukcesy Puchar Rumunii: finał (1): 1991 Puchar Ligi Rumuńskiej: zwycięstwo (1): 1998 Liga I: 4.