do ich wnętrza nie zaglądano. W 1803 lub 1804 r. na osobiste polecenie króla Prus, Fryderyka Wilhelma III rozbito część sarkofagów i zabrano znajdujące się w nich wartościowe przedmioty. W 1810 r., gdy Szczecin okupowały wojska napoleońskie, skuszony krążącymi legendami o ukrytych skarbach Gryfitów marszałek Victor-Perrin otworzył kryptę, widząc jednak ślady splądrowania ograniczył swą obecność do obejrzenia wnętrza. W 1830 r. do krypty zamkowej przeniesiono dwie trumny pochodzące z rozbieranego kościoła farnego Najświętszej Maryi Panny. W 1840 r. zmarła w Szczecinie księżniczka brunszwicka Elżbieta Krystyna, była żona Fryderyka Wilhelma II. Pochowano ją uroczyście w krypcie zamkowej. Na okoliczność pogrzebu uporządkowano wnętrze, a przy okazji opróżniono sarkofagi książęce z zabytków, które następnie przesłano do Berlina.
Kolejnych zniszczeń krypty zamkowej dokonano w czasie I wojny światowej gdy żołnierze niemieccy gromadząc rezerwy metali kolorowych pozdejmowali z trumien miedziane i cynowe obicia (trumny zabezpieczono dwoma lub 3 warstwami blachy, spodnią warstwę często zostawiano). Bliżej nieokreślone zniszczenia nastąpiły też w czasie II wojny światowej podczas walk o miasto oraz w okresie przejściowym, gdy przynależność państwowa Szczecina była nieokreślona.