Edycje Głównym zadaniem Instytutu Historii Nauki PAN była edycja Dzieł wszystkich Mikołaja Kopernika, którą przygotowywał Paweł Czartoryski, a także prace nad syntezą Historii nauki polskiej, której dziewięć tomów ukazało się pod redakcją Bogdana Suchodolskiego. Obecnie prace te są kontynuowane. Rozpoczęły się także prace dotyczące edycji osiemnastowiecznych materiałów Komisji Edukacji Narodowej, które wpisane zostały na listę światowego dziedzictwa przez UNESCO.
Serie wydawnicze Mikołaja Kopernika Opera Omnia, tomy I-IV (1972-2007) w kilku wersjach językowych, redaktor Paweł Czartoryski i kontynuatorzy „Historia nauki polskiej”, tomy I-X (1970-2015 i kontynuacja), redaktor Bogdan Suchodolski i kontynuatorzy „Archiwum Dziejów Oświaty” tomy I-XIII (1959–2000 i kontynuacja), redaktor Kalina Bartnicka „Źródła do Dziejów Geografii” tomy I–II (1994–1996) „Źródła do Dziejów Nauki i Techniki” tomy I-XVIII (1957-1992) i kontynuacja jako: „Fontes Rerum ad Historiam Scientiae Spectantium” (Series Recentior) tomy I-IX (2010–2019 i kontynuacja) „Monografie z Dziejów Nauki i Techniki” tomy I-CLIII (1957-2002 i kontynuacja), redaktor Stefan Zamecki „Monografie z Dziejów Oświaty” tomy I–LI (1957-2020 i kontynuacja), redaktor Leszek Zasztowt „Z Dziejów Kartografii” tomy I-XIV (1979-2008 i kontynuacja) „Historia Leków