Poparcie Stalina dla utworzenia państwa Izrael i wynikająca z tego potrzeba posiadania przychylności międzynarodowej społeczności żydowskiej wciąż jednak odwlekły wyrok na JAK.

21 listopada 1948 na posiedzeniu Biura Politycznego Komitetu Centralnego podjęto decyzję o rozwiązaniu Żydowskiego Komitetu Antyfaszystowskiego. Wcześniej, 12 stycznia 1948 na osobisty rozkaz Stalina został w Mińsku zamordowany przewodniczący Komitetu Solomon Michoels. W styczniu 1949 Prawda rozpoczęła antysemicką kampanię przeciwko tak zwanym kosmopolitom, a pod koniec 1949 prawie wszyscy członkowie kierownictwa JAK znaleźli się w więzieniu. Oskarżeni o szpiegostwo na rzecz USA i nacjonalistyczną działalność antyradziecką, podani wielomiesięcznym przesłuchaniom i torturom, prawie wszyscy przyznali się do winy i oskarżyli siebie nawzajem. W kilku równoległych procesach w latach 1948–1952 osądzono w sumie 110 osób powiązanych z JAK. 10 z nich skazano na karę śmierci (wyrok wykonano 12 sierpnia 1952), 20 – na 25 lat łagru, 3 – na 20 lat, 11 – na 15 lat, 50 – na 10 lat, 2 – na 8 lat, 1 – na 7 lat i 2 – na 5 lat. Pięć osób zmarło w trakcie śledztwa. W listopadzie 1955 Sąd Najwyższy ZSRR uchylił wszystkie wyroki, nie dopatrując się w działalności oskarżonych znamion przestępstwa.