W latach 2001–2003 wymieniono posadzkę na granitowo-marmurową, wykonano także marmurowy ołtarz soborowy i ambonę oraz kościół z zewnątrz odnowiono. W 2005 roku do parafii w Lipnicy Małej została sprowadzona relikwia Świętego Stefana.
W 2007 roku dokończono przebudowę wieży kościelnej oraz wymieniono całe pokrycie dachowe na blachę miedzianą.
Od 2008 roku dzięki staraniom ks. Adama Leśniaka rozpoczęto odnowę wnętrza świątyni, którego projektem zajęli się miejscowi artyści. Prawie wszystkie prace udało się zakończyć przed konsekracją kościoła. 11 czerwca 2011 roku nastąpiło sprowadzenie i uroczyste powitanie dzwonów. Następnego dnia kardynał Stanisław Dziwisz poświęcił dwa nowe dzwony, zaś 12 sierpnia 2011 roku zostały przywiezione relikwie św. Jana Pawła II.
W 2013 roku wymieniono ogrodzenie wokół kościoła wraz z bramami głównymi. 18 sierpnia tegoż roku poświęcono tabernakulum.
21 maja 2016 roku ks. biskup Jan Szkodoń konsekrował kościół świętego Stefana.
Po 25 latach pracy duszpasterskiej, w związku z osiągnięciem wieku emerytalnego, z funkcji proboszcza zrezygnował ks.