Po śmierci admirała Mineichiego Kogi (a wcześniej – Isoroku Yamamoto), został 3 maja 1944 mianowany dowódcą Połączonej Floty. Na okres jego dowództwa przypadły największe bitwy morskie wojny na Pacyfiku, a zarazem największe klęski Japonii. Zaraz po objęciu stanowiska wdrożył operację A-Go, której celem było doprowadzenie do decydującej bitwy (wzorem bitwy pod Cuszimą), w której pokonana miała być flota amerykańska. 15 czerwca wydał rozkaz do przeprowadzenia tej operacji, jednakże w rezultacie Japończycy ponieśli klęskę w bitwie na Morzu Filipińskim 19–20 czerwca 1944.
25 kwietnia 1945 oprócz dowództwa Połączonej Floty, objął nowo utworzone stanowisko Naczelnego Dowódcy Marynarki, a od 1 maja 1945 także dowódcy Floty Eskortowej. Od 29 maja 1945, zastąpił go na tych stanowiskach adm. Jisaburō Ozawa. Toyoda objął funkcję szefa Sztabu Generalnego Marynarki i ponownie został członkiem Najwyższej Rady Wojennej. Zasiadając w Radzie, oponował przeciwko decyzji cesarza Hirohito podjęcia rozmów kapitulacyjnych po zrzuceniu bomb atomowych na Hiroszimę i Nagasaki w sierpniu 1945.