Na teren, na którym miała powstać kaplica, wybrano działkę przy ulicy Podjazie. Okazały się one jednak zbyt małe, a ksiądz Zaborski, żeby je uchronić od zabrania przez władze, postawił na niej krzyże i poświęcił. Na jednym umieścił napis: Na pamiątkę 600-lecia wybudowania pierwszego kościoła Świętej Trójcy w Będzinie 1358-1958. Tu stanie kościół pw. Św. Jana Chrzciciela w Będzinie. 30 kwietnia rozpoczęto budowę pierwszej kapliczki, a dzień później odbyło się w niej pierwsze nabożeństwo. Trzeciego dnia po tym władze partyjne zażądały jej zburzenia. Delegatowi biskupa udało się jednak wynegocjować w zamian budowę większej i trwalszej kaplicy.
Pierwszy odpust parafialny odbył się 24 czerwca 1958 roku, jeszcze w małej kapliczce, nazywanej Betlejemką. Urząd miasta wydał jednak tajne dyspozycje jednej z firm budowlanych w celu przeszkodzenia rozpoczętej już budowie nowego budynku, które polegały na przesunięciu płotu dzielącego parafię od sąsiadującej szkoły tak, aby zmniejszyć teren kościelny o 10 m2. Dzień później parafianie rozpoczęli obronę swojego kościoła, ustawiając się w szeregu w celu blokady działań milicji, jednak bezskutecznie. Władze miasta tak powstałym pretekstem unieważniły zezwolenie na budowę, szczęśliwie jednak wyrok ten został cofnięty 16 lipca. Ksiądz Zaborski napisał o tym w kronice parafialnej:19 lipca 1958 r.