Jako jeden z dwóch hierarchów prawosławnych obecnych na ziemiach niepodległej Polski został automatycznie uznany przez władze polskie za kandydata na zwierzchnika przyszłego autokefalicznego Kościoła w Polsce. Biskup Włodzimierz zobowiązał się do podjęcia z patriarchą moskiewskim Tichonem rozmów w tej sprawie, by proces autokefalizacji przebiegł w sposób w pełni zgodny z prawem kanonicznym. Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego udzieliło mu uprawnień do prowadzenia działalności duszpasterskiej również na terenie województwa lubelskiego. Patriarcha Moskwy uczynił go w 1919 locum tenens eparchii chełmsko-warszawskiej. Biskup Włodzimierz nie podjął jednak żadnych działań na rzecz autokefalizacji Kościoła, gdyż był zwolennikiem zachowania jurysdykcyjnego status quo – zależności prawosławia na ziemiach polskich od Rosyjskiego Kościoła PrawosławnegoM. Papierzyńska-Turek, Między tradycją a rzeczywistością. Państwo wobec prawosławia 1918–1939, s.106. W kontaktach z Cerkwią Rosyjską starał się natomiast o zwrot ruchomego majątku cerkiewnego wywiezionego przez duchowieństwo uciekające do Rosji w czasie bieżeństwaG. Pelica, Kościół prawosławny..., s.93. Przyczynił się również do zachowania w rękach prawosławnych monasteru w JabłecznejG. Pelica, Kościół prawosławny..., s.311.