Na Mistrzostwach Niemiec 2012 indywidualnie zdobył brązowy medal.
W pierwszej części sezonu 2012/2013 Freitag zajmował z reguły miejsca w drugiej i trzeciej dziesiątce. Lepsze wyniki osiągnął w zawodach na skoczni w Krasnej Polanie, rozgrywanych 7 i 8 grudnia 2012 jako próba przed igrzyskami w Soczi, w pierwszym konkursie zajmując 6., a w drugim 2. miejsce. Po raz kolejny na podium stanął 9 stycznia 2013 w Wiśle, ponownie kończąc zawody na drugiej pozycji. 16 lutego na mamuciej skoczni Heini-Klopfer-Skiflugschanze w Oberstdorfie po raz drugi w karierze wygrał zawody Pucharu Świata.
Wystąpił na Mistrzostwach Świata w Narciarstwie Klasycznym 2013. Indywidualnie zajął 6. miejsce zarówno na skoczni normalnej, jak i dużej, zdobył natomiast dwa medale w zawodach drużynowych: brązowy w konkursie mieszanym na skoczni normalnej oraz srebrny w drużynie męskiej na skoczni dużej. 10 marca w Lahti po raz kolejny zwyciężył w zawodach Pucharu Świata. Pięć dni później był drugi w Trondheim. Cały sezon zakończył na 8. miejscu klasyfikacji generalnej z 736 punktami.
Sezon 2013/2014 Zwyciężył w pierwszym konkursie Letniego Grand Prix 2013, rozgrywanym w Hinterzarten. Miejsca w najlepszej dziesiątce zajął jeszcze w dwóch innych.