Do powszechnych zwierząt należą kopytne – jak: dżejran, koza bezoarowa, markur i koziorożec syberyjski. W górach Hindukuszu można spotkać owcę pamirską, zwaną archarem. Tereny górzyste są też siedliskiem niedźwiedzia brunatnego, a także irbisa. Nad Amu-darią żyły kiedyś tygrysy. Tereny równinne zamieszkiwane są przez szakala złocistego i hienę pręgowaną. Jeśli chodzi o ptaki, to w Afganistanie gniazduje wiele gatunków szpakowatych, jak np. majna. W górach żyje kuropatwa górska i ptaki drapieżne jak np. orzeł przedni. Górskie rzeki obfitują w ryby, głównie łososiowate.
Afganistan jest jednym z tych krajów, w którym obszary chronione zajmują niewielki procent powierzchni kraju, w tym wypadku zaledwie 0,3%. Występuje kilka obszarów chronionych: dolina Alingar, doliny rzek Kunar i Kamdesz, solnisko Nawur i jezioro Ab-i Istoda.
Zobacz też Hindukusz
Bibliografia Azja [Red. t. Janusz Gudowski, Andrzej Lisowski; aut. t. Elżbieta Bajkiewicz-Grabowska et al.] (Encyklopedia Geograficzna Świata. T. 6). Wydawnictwo Opres, Kraków 1998
Linki zewnętrzne Mapa topograficzna w Afganistanie (1: 300 000)