4 maja 1986 przy ulicy Bolesława Krzywoustego 2 został poświęcony plac pod budowę przyszłego kościoła przez biskupa Gerarda Kusza, oraz powołano duszpasterstwo tymczasowej parafii, a ks. Edward Bogaczewicz w sierpniu tegoż roku został mianowany po ks. Alfonsie Schubercie administratorem parafii, prowadząc na szeroką skalę starania o pozyskanie nowych funduszy gromadzonych na budowę. W pierwszym etapie wybudowano tymczasową kaplicę oraz salki katechetyczne. W miarę postępu prac budowlanych, powstawały nowe obiekty parafialne. W 1987 rozpoczęto budowę domu parafialnego, a dwa lata później, w 1989 położono fundamenty pod nowy kościół.
Parafia pw. Ducha Świętego i Najświętszej Maryi Panny Matki Kościoła została ostatecznie erygowana 1 października 1993, wyodrębniona z parafii św. Mikołaja, a dotychczasowy administrator ks. Edward Bogaczewicz został jej pierwszym proboszczem. 30 listopada 1997 biskup opolski Alfons Nossol wmurował kamień węgielny, poświęcony przez papieża św. Jana Pawła II w Legnicy, 2 czerwca 1997, podczas swojej pielgrzymki do Polski. Po trzech latach budowy kościoła i znacznym postępie prac, tymczasową kaplicę w 2000 rozebrano. Wkrótce w parafii powołano grupy parafialne, centralną siedzibę dla rejonu Kędzierzyna-Koźla działającej organizacji charytatywnej Caritas oraz utworzono bibliotekę parafialną.